得到不同基因怎么对比分析_ 不同的基因型

嘿！相信你们都对得到不同基因怎么对比分析有一定的兴趣，不要着急，我会在这里与大家分享我的经验和知识，废话不多说，咱们开始吧！

测序后如何分析基因突变?

1、假设你测的是一个基因的序列，如果已知这个基因的序列，则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对，分析看两者在哪个地方不对应，不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher，或者去NCBI网站点击BLAST进行。

2、对染色体变异的判定，可以通过核型检查即可，得样品的核型分析结果，看其有无染色体的倍数、条数增减，单条染色体有无缺失或异常易位等。而要判定是否是基因突变，则需要具体到某一个基因，比如您怀疑某个基因可能存在突变，则可以设计引物，做PCR或逆转录PCR，对该基因序列测序即可知道是否变异。

3、将你的测序结果与参考序列进行比对，当然前提你是知道你的参考序列的突变位置，如果你的参考序列上是A，而测出来的结果是T，那就是一个突变型，还有可能就是杂合突变。

4、看测序结果与目的基因序列是否一致，有没有碱基突变。

5、方法提取石蜡肿瘤组织中DNA，采用直接测序法分析24例甲状腺乳头状癌和30例甲状腺不典型乳头状腺瘤石蜡组织中BRAF基因突变的情况。结合临床资料进一步分析。结果24例甲状腺乳头状癌，16例发现BRAF基因15外显子第600位密码子A/T杂合(V600E)，突变率为67%(16/24)。

6、基因测序的结果的内涵 基因测序的结果是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。基因测序的作用 锁定个人病变基因，提前预防和治疗。

基因序列比较怎么分析

1、基因序列比较怎么分析 测序得到基因序列后一般都需要进行序列比对，看和目的序列的差异情况，常用的软件有DNAman，还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对，推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。

2、序列比对的核心在于比较研究序列与已知库中的特征，以识别其生物属性。常用的工具包如BLAST和FASTA提供这样的功能，通过两两序列比较算法进行。进行比对时，结果的评价通常依据几个关键指标：Score（匹配得分）、E值（随机匹配概率）、一致性（Identities，匹配碱基数的百分比）以及Gaps（插入或缺失的标记）。

3、重测序基因组数据比对，是指将测序仪下机fastq数据（NGS read序列，通常100-150bp），与人类参考基因组（reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括 variation calling，ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)流程的第一步。

4、首先，你要把这个基因的起始位点标出来，就给这么点序列，不好给你分析。上面的DNA序列也不像从头开始的啊。下面的RNA序列也不知道是从什么地方开始的。

5、比较基因序列：一个DNA分子是由许多基因组成的。因此，比较两个不同的DNA分子的基因序列可以帮助我们确定这两个分子的相似性或差异。我们可以使用计算机程序比较两个基因序列，以便找出它们之间的差异。 使用限制性酶：限制性酶是一种能够切断DNA分子的酶。每种限制性酶都会切断特定序列的DNA。

两个基因对比下调怎么看

如果一个基因在相同条件下的表达水平相对于另一个基因有所降低，则认为这个基因相对下调。常见的两个基因对比分析方法是差异表达分析，涉及大量的生物信息学数据分析。基本上，这种分析将被测基因表达水平的组数分成两组，并使用生物信息学软件来发现不同的表达情况。

上调就是基因转录成mRNA时受到正向调控，促进表达。下调是受到抑制，表达量减少。 在RNA聚合酶的催化下，以DNA为模板合成mRNA的过程称为转录(transcription)。在双链DNA中，作为转录模板的链称为模板链(template strand)或反义链(antisense strand)。

基因的上调和下调是指基因表达过程中的两种不同调控状态。基因表达是生物体内的重要过程，涉及到DNA中的遗传信息被转化为功能性蛋白质的过程。在这个过程中，基因的表达水平可能会发生变化，其中最常见的表现就是基因的上调和下调。具体来说：基因上调是指基因表达水平上升的过程。

只有做实验才能确定到底是上调还是下调。现有关于protein-DNA interaction的public数据库基本没有direction信息。商业数据库像MetaCore和IPA还是好用很多。如果有特定的TF要看，可以去GEO看看有没有这个TF mutant 或者knock-out的数据。如果有的话，至少能多点信息帮助判断，不过要注意物种或条件差异。

基因上调logfc数值为正，下调数值为负。

geo2r得到的差异基因怎么筛选

1、了解差异表达统计结果 geo2r分析后，会得到每个基因的差异表达统计结果，包括表达量的变化、差异的显著性等。这些结果为我们提供了基因表达变化的基础信息。设定筛选阈值 根据研究目的和背景，设定合理的筛选阈值。通常考虑的参数包括表达差异倍数和差异显著性。

2、geo2r在基因差异分析中扮演着关键角色，但获得差异基因后，筛选过程至关重要。基因芯片，以DNA芯片或生物芯片闻名，起源于20世纪80年代中期，其核心原理是杂交测序。这种技术基于在固定基片上排列已知序列的核酸探针，这些探针能与待测样本中的核酸序列进行配对。

3、点击AnalyzewithGEO2R，利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组，分组完毕后，点击saveallresults，获取两组之间的差异表达基因。得到如下所示的文本内容，将其粘贴到记事本(例如，保存为result.txt)，然后导入到excel中(数据→自文本，选择result.txt文件导入)，准备进行筛选。

全基因组测序数据获取后应该怎么分析?

1、富集分析（KO）样品要求样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。还有一段距离，因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在测序的起始端总会有一些碱基无法准确读出，因此，您如果想得到您的pcr产物的完整序列，最好克隆后进行测序。

2、如果想用你现有的数据找疾病相关的基因／通路／网络，出门直走差异表达分析。

3、首先进行基因分类，比如说编码性基因占多大比例，非编码性基因又占多少比例；转录因子占多少比例，蛋白激酶类基因又占多少比例等等。然后将该物种基因组与其它已测序基因组进行比较，包括大小、同源度等等。你可以下载一篇报道某种物种已完成测序的文献，看文献中怎么分析。这种文献应该有很多。

感谢各位看客，文章到此结束，希望可以帮助到大家。